Le problème invisible sur vos fiches de paie
Chaque mois en France, des millions d'euros d'indemnités journalières sont avancés par des employeurs… et ne leur reviennent jamais.
Pas à cause d'une fraude. Juste à cause d'une gestion administrative imparfaite, d'un dossier bloqué en CPAM, d'une DSN mal paramétrée, ou d'un suivi inexistant.
En officine, ce problème est amplifié par deux réalités : les équipes sont petites — souvent sans gestionnaire RH dédié — et l'absentéisme pour arrêt maladie y est structurellement élevé. Selon une étude de 24i7 Services de février 2026, 43 % des remplacements en officine en 2025 étaient liés à des arrêts de travail ou maladies.
Or le cabinet Ayming constate dans ses missions un écart moyen de 30 % : sur dix euros avancés, trois ne reviennent jamais à l'entreprise.
📊 Chiffre clé
Dans les entreprises pratiquant la subrogation des IJSS, 30 % des sommes avancées ne sont en moyenne jamais recouvrées — non par fraude, mais par défaut de suivi administratif.
Source : Ayming — Subrogation des IJSS, bonnes pratiques de recouvrement.
IJSS, subrogation, maintien de salaire : de quoi parle-t-on exactement ?
Les IJSS (Indemnités Journalières de Sécurité Sociale)
Quand un salarié est en arrêt maladie, la Sécurité sociale verse des indemnités journalières après 3 jours de carence (sauf AT/MP).
Depuis le 1er avril 2025, le décret n°2025-160 du 20 février 2025 a abaissé le plafond de revenus pris en compte de 1,8 à 1,4 SMIC mensuel (soit 2 522,52 €). Pour les adjoints et préparateurs au-dessus de ce seuil, le maintien de salaire à votre charge a augmenté mécaniquement.
Le maintien de salaire
En vertu de la CCN Pharmacie d'officine (art. 16), vous êtes tenu de maintenir tout ou partie du salaire de vos collaborateurs en arrêt. Pour les non-cadres (coefficient < 330), l'indemnisation commence dès le 4e jour d'arrêt, sans condition d'ancienneté.
La subrogation
Mécanisme par lequel vous percevez directement les IJSS de la CPAM, au lieu que ce soit votre salarié. Elle présente un double avantage : simplifie la vie du salarié et vous permet de précompter les IJSS en paie dès le départ, réduisant l'assiette des charges sociales.
📊 Chiffre clé
Depuis le 1er avril 2025, le plafond de calcul des IJSS est abaissé à 1,4 SMIC mensuel (décret n°2025-160). Pour les adjoints et préparateurs dont le salaire dépasse ce seuil, le maintien de salaire à la charge de l'employeur augmente mécaniquement.
Pourquoi la CPAM ne vous rembourse pas toujours spontanément
Raison n°1 — La CPAM traite en priorité les dossiers non subrogés en période de forte charge.
Raison n°2 — Les deux volets de l'arrêt ne sont pas toujours reçus au même moment. Si l'un manque, le dossier est bloqué sans notification automatique.
Raison n°3 — La DSN peut comporter des anomalies de paramétrage (code motif mal renseigné, date incohérente, numéro de sécu incorrect).
Raison n°4 — Personne ne surveille. En l'absence de suivi actif, les écarts s'accumulent silencieusement.
Le calcul que vous devriez faire chaque trimestre
Étape 1 — Recensez tous les arrêts maladie du trimestre (nom, dates, statut, salaire brut)
Étape 2 — Calculez les IJSS théoriques : salaire journalier = (salaire brut 3 derniers mois) ÷ 91,25. IJSS journalière = salaire journalier × 50 %, plafonnée à 2 522,52 €/mois, à partir du 4e jour calendaire.
Étape 3 — Rapprochez via Net-Entreprises (rubrique BPJI — Bordereau de paiement des IJSS). Tout écart mérite investigation.
Étape 4 — Contactez la CPAM compétente (celle du domicile du salarié, pas de l'officine) sur les dossiers non soldés.
📊 Chiffre clé
En France, le taux d'absentéisme national a atteint 4,41 % en 2024. Plus de 26,98 % des salariés ont connu au moins un arrêt de travail dans l'année.
Source : Observatoire des arrêts de travail 2025, Groupe APICIL & Groupe JLO — 53 000 entreprises, +1 million de salariés.
L'officine comme cas d'usage particulier
Une équipe féminine et de terrain. En 2024, le taux d'absentéisme des femmes atteignait 7,9 % (contre 4,4 % pour les hommes au niveau national), notamment en lien avec les troubles psychologiques et maladies ordinaires.
Des arrêts longs plus fréquents. Les maladies professionnelles liées aux troubles psychosociaux ont progressé de +117 % entre 2019 et 2023 (Assurance Maladie).
La spécificité de la CCN. Les obligations de maintien de salaire commencent dès le 4e jour pour les non-cadres, sans condition d'ancienneté — maîtriser la subrogation est donc particulièrement important.
Ce que change la réforme LFSS 2026 sur les arrêts maladie
La LFSS 2026 (L. n°2025-1403 du 30 décembre 2025, art. 81) introduit un plafonnement de la durée des arrêts initiaux, avec des prolongations limitées à des tranches de deux mois maximum. Les décrets d'application n'étaient pas encore publiés début mars 2026.
En pratique : les arrêts de longue durée devront être renouvelés explicitement, multipliant les points d'entrée dans la chaîne administrative — et donc les risques de dossier mal traité.
Checklist : 8 points de contrôle pour ne rien laisser sur la table
À la déclaration de l'arrêt :
Au suivi mensuel :
À la clôture :
Ce que PULCES prend en charge pour vous
La gestion des IJSS en subrogation est l'une des tâches les plus chronophages de l'administration sociale d'une officine. Elle exige de la régularité, de la méthode, et une bonne connaissance des circuits CPAM.
Chez PULCES, la déclaration des arrêts, le suivi des remboursements IJSS et le rapprochement périodique font partie du périmètre standard. Parce que dans un contexte où l'EBE recule et où les charges de personnel progressent de plus de 5 % par an, chaque euro non récupéré est un euro de marge perdu.
📚 Sources
- Ayming — Subrogation IJSS, 30 % non recouvrés. ayming.fr
- Décret n°2025-160 du 20 février 2025 — Plafond IJSS 1,4 SMIC. legifrance.gouv.fr
- PayFit — Comptabilisation IJSS en subrogation. payfit.com
- Observatoire arrêts de travail 2025 — Groupe APICIL & JLO. groupe-apicil.com
- Leyton — Absentéisme 2025, taux femmes 7,9 %. leyton.com
- CCN Pharmacie d'officine — IDCC 1996, art. 16. legifrance.gouv.fr
- LFSS 2026 — Loi n°2025-1403 du 30 décembre 2025, art. 81. legifrance.gouv.fr
- 24i7 Services (fév. 2026) — 43 % remplacements AT/maladie en 2025.
- Assurance Maladie — Maladies professionnelles TPS +117 % entre 2019 et 2023.
Article rédigé pour pulces.fr — tous droits réservés.
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